Poslanie a hlavné úlohy Archeologického ústavu SAV:

1.Ústav vykonáva vedecko-výskumnu činnosť vo vednom odbore archeológia a príbuzných vedných disciplinach. Efektívnym a tvorivým spôsobom prispieva k riešeniu teoreticky závažných a pre prax aktuálnych vedeckých problémov. Vedecko-výskumnú činnosť rozvíja v rámci vlastného vedecko-výskumného programu, úloh grantových projektov, medzinárodných projektov a individuálnych úloh tvorivých pracovnikov. Pomáha uplatňovať dosiahnute výsledky vo verejnom živote formou vedecko-popularizačnej a kúlturno-osvetovej činnosti.
2.Ústav spolupracuje s pracoviskami príbuzných odborov Akadémie, s vysokými školami a výskumnymi pacoviskami doma i v zahraničí. Koordinuje a metodicky i odborne usmerňuje tématicky a záchranný terénny výskum na Slovensku.
3.Ústav je školiacim pracoviskom pre výchovu nových vedeckých pracovnikov v odbore archeológia. Zabezpečuje prípravu a výchovu vedeckých ašpirantov pre vlastné potreby a potreby iných organizácií. Zabezpečuje činnosť komisie pre obhajoby kandidátskych a doktorských dizertačných prác v uvedenom odbore.
4.Na realizáciu úloh, ktoré pre pracovisko vyplývajú z tématického plánu dvojstranných a mnohostranných dohôd, uzatvára dohody s príslušnými domácimi i zahraničnými partnermi.
5.Redakčne pripravuje a vydáva: časopis Slovenská archeológia, ročenky Archeologické výskumy a nálezy na Slovensku, Štúdijne zvesti AU SAV, Východoslovensky pravek, monografické rady Archaeologica Slovaca Monographiae, Acta interdisciplinaria Archaeologica, Archeologické pamätníky Slovenska, edíciu zborníkov z vedeckých podujatí Communicationes a v spolupráci s Národným numizmatickým komitétom zborník Slovenská numizmatika.